В последние дни Второй мировой войны молодой пилот-камикадзе Коити Сикисима, не выполнивший свой смертельный приказ, вынужден совершить посадку на небольшом острове Одо, где располагается ремонтная база японской армии. Этот выбор, продиктованный инстинктом самосохранения, навсегда изменит его жизнь и станет источником глубокой внутренней травмы. Вечером того же дня на базу обрушивается непостижимый ужас – из морских глубин появляется колоссальный древний ящер, которого местные жители в панике называют Годзиллой. Существо демонстрирует чудовищную, неумолимую силу, без раздумий уничтожая всё на своём пути. В этот момент, оказавшись лицом к лицу с живым воплощением разрушения, Коити замирает, парализованный страхом, и его пистолет оказывается бесполезным против толстой шкуры монстра. Этот миг нерешительности и выживания, в то время как другие гибнут, будет преследовать его долгие годы, становясь тяжким грузом вины. Спустя несколько лет Коити возвращается в Токио, полностью разрушенный американскими бомбардировками, где находит лишь пепелище от родного дома и узнаёт о гибели родителей. Потеряв всякую опору, он пытается выстроить новую жизнь среди руин, медленно восстанавливающейся страны. Судьба сводит его с Норико, молодой женщиной, которая, как и он, потеряла всю семью и теперь заботится о спасённом во время налёта чужом младенце по имени Акико. Они образуют хрупкое, но необходимое подобие семьи, пытаясь обрести покой и смысл в послевоенной действительности. Коити находит работу в опасной команде по разминированию Токийского залива, где экипажи на хлипких деревянных судах ежедневно рискуют жизнью, обезвреживая оставшиеся с войны морские мины. Кажется, жизнь понемногу налаживается, пока однажды во время обычного выхода в море привычный горизонт не сменяется видом спинного плавника, рассекающего воду. Годзилла возвращается, но это уже не просто гигантский ящер – после проведённых американцами ядерных испытаний на атолле Бикини существо мутировало, превратившись в поистине апокалиптическое создание невероятных размеров, излучающее смертоносную радиацию и обладающее разрушительным тепловым лучом. Его появление знаменует собой новую, ещё более мрачную эру, где прошлые ужасы войны меркнут перед лицом этого живого оружия массового поражения, а для Коити Сикисимы открывается болезненная возможность встретиться со своим старым кошмаром и, возможно, на этот раз найти в себе силы для противостояния.